Wim Cuypers senior onderzoeker

Onderzoek Wim Cuypers

Onderzoeksgroep

Expertise

Mijn onderzoek richt zich op microbiële genomics en antimicrobiële resistentie, met bijzondere expertise in Salmonella. Ik bestudeer hoe ziekteverwekkende bacteriën evolueren, zich aanpassen aan de menselijke gastheer en resistentie tegen antibiotica ontwikkelen. Hiervoor combineer ik genoomsequencing, analyse van genexpressie en laboratoriumexperimenten. Als aanvullende onderzoekslijn ontwikkel en evalueer ik toepassingen van metagenomische sequencing voor het bestuderen van ziekteverwekkers en het monitoren van bacteriën, virussen en antimicrobiële resistentie in afvalwater. Mijn expertise omvat ook nanoporesequencing, het vergelijken en evalueren van methoden en laboratoriumtechnieken zoals bacteriekweek, antibiotische gevoeligheidsbepalingen (antibiogram), extractie van nucleïnezuren, library prep en sequencing. Daarnaast draag ik bij aan bio-informaticaonderwijs en het versterken van onderzoekscapaciteit in lage- en middeninkomenslanden. Ook buiten mijn onderzoek hecht ik belang aan het verbinden van mensen en het ondersteunen van de wetenschappelijke gemeenschap, in het bijzonder studenten, doctoraatsstudenten en onderzoekers in deze landen.

Onthulling van het verborgen menselijk viroom: een genomische en spatiotemporale benadering van viraal toezicht van afvalwater. 01/11/2025 - 31/10/2026

Abstract

Afvalwater gebaseerd toezicht analyseert producten die door mensen worden uitgescheiden in afvalwater, wat toelaat infectieziekten te monitoren op populatieniveau. In België wordt momenteel voornamelijk SARS-CoV-2, respiratoir syncytieel virus (RSV), en influenza gemonitord. Hierdoor blijven er echter verschillende andere virale bedreigingen onopgemerkt, wat de noodzaak benadrukt voor een uitgebreider multi-virus surveillance systeem. Hoewel de bestaande methodologie effectief is, kan een optimalisatie van de virus concentratie- en detectie-technieken de accuraatheid verbeteren. Het uitbreiden van genomische surveillance laat toe virale evolutie te volgen, en het verfijnen van voorspellende modellen kan de voorspelling van uitbraken verbeteren. Gebruik makend van onze unieke databank die afvalwater van verschillende afvalwaterstations bevat, en nauwe samenwerking met Sciensano, zal dit project het huidige afvalwater gebaseerd toezicht in België versterken door virus concentratie- en extractiemethoden te verbeteren, genomische surveillance uit te breiden en voorspellende modellen te versterken. Uiteindelijk zal dit project bijdragen aan een snellere en betere detectie van virale bedreigingen, voorspelling van uitbraken en paraatheid van de volksgezondheid, wat zorgt voor betere monitoring en antwoorden op opkomende en terugkerende virussen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Financiering

  • BOF

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

Innovatieve mobiele monitoring van ziekteverwekkers: Eenvoudige en aanpasbare oplossingen voor sequencing analyse door LeapSEQ 01/10/2024 - 30/09/2026

Abstract

Het hoofddoel van dit VLAIO Innovatiemandaat is het creëren van LeapSEQ, een innovatief softwareplatform ontworpen voor de effectieve en realtime surveillance van virussen en bacteriële antimicrobiële resistentie (AMR) in afvalwater door het gebruik van draagbare nanopore technologie

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Financiering

  • VLAIO

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

Systeembiologische analyse van niche adaptatie bij resistent en virulente Salmonella pathogenen. 01/01/2018 - 31/12/2021

Abstract

Het doel van dit PhD-project is om het proces van niche adaptatie bij Salmonella te bestuderen vanuit een systeembiologisch perspectief. Momenteel wordt niche adaptatie vooral bestudeerd op het niveau van het genoom, met de focus op coderende genen. Dit doctoraat zal zich toespitsen op het transcriptoom, en meer bepaald op de integratie van beide niveaus. Finaal zullen de bevindingen gemodelleerd worden met machine-learning technieken, hetgeen ons zal toelaten niche adaptatie veel breder te bestuderen. De methodologie zal getest worden op een specifiek Salmonella serotype, genaamd Salmonella Concord, dat we als paradigma gebruiken voor het huidige probleem van bloedstroominfecties met multiresistente Salmonellae in Sub-Sahara Africa.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Financiering

  • FWO

Project type(s)

  • Onderzoeksproject